Süt yağı, peynirin yüksek enerjili besin öğelerinden biridir. Peynirdeki yağ oranı genellikle kuru maddede yağ oranı olarak ifade edilir. Peynirde olgunluk düzeyi arttıkca yağ oranıda artar.

Peynirin günlük toplam yağ alımına katkısı, ortalama tüketimler dikkate alındığında yüzde 5'i geçmez. Yüzde 88 – 94 aralığında yüksek sindirilebilirlik oranına sahip süt yağının kolestrol içeriği de pek çok besine göre oldukça düşüktür. Yaygın kanı, toplam ve doymuş yağ asit alımının azaltılmasının koroner kalp hastalıkları ve yüksek kolesterole karşı mücadelede etkili olacağı yönündedir. Oysa araştırmalara göre peynirdeki doymuş yağ asitlerinin her biri kan kolestrolü düzeyi üzerinde farklı etkiler göstemermektedir. Bazıları kan kolesterolünü yükseltme özelliğine sahipken, bazılarının hücre düzenleyici etkilerle vücuda etkin yararlar sağladığı gözlenmiştir.